Los dos molinos que inicialmente había en Alomartes pertenecían al Gran Capitán y a sus herederos. Un molino era identificado como el Alto y el otro como el Bajo o de la Torre.   
Hacia el año 1511, un tal Gonzalo de Luna, que había recibido por repartimiento ciertas tierras en la ribera de Alomartes, “entre el ryo y el acequia”, las vendió a Martín del Águila para que en ellas construyese un molino. Pero el Gran Capitán y la Duquesa, directamente, o por medio de su criado o mayordomo, le pusieron objeciones a la construcción porque el nuevo molino pretendido por Martin del Águila perjudicaba a los molinos del Duque. Por lo que Martín del Aguila paralizó los trabajos y abandonó la idea de construir el nuevo molino. El hecho era relatado así en 1533 por quienes fueron testigos:
“...quyso hazer un molyno en las dichas tierras y el Gran Capitán y la Duqesa, su muger, se lo estorbaron y vedaron que no lo hiziese; y el dicho Martyn del Aguila, por mandado de los dichos Gran Capitán e Duqesa, e a su rrespeto, lo dexó de hazer y se apartó e rrenunció todo el derecho que tenya para lo hazer”.
“...un dya, estando el dicho Martyn del Aguyla en esta villa de Yllora, le habló el Gran Capitán, delante este testigo e de otras personas, que no hiziese el dicho molyno porque le benya daño a los suyos.”
“...e después que lo supo el Gran Capitán, que Dyos aya, no consyntyó que hiziese el dicho molyno. E que él obo por bueno de dexallo de hazer...”.
“...como avya dicho Martyn del Aguila que hera criado del Gran Capitán e sabya que ovya de aver enojo sobre ello, que no lo quería hazer el molyno que tenía comenzado porque venya perjuycio a los molynos del Gran Capitán.”
“...e concertádose con Bartolome Sanches, cantero, para que hiziese el dicho molyno. E después, dende a ciertos días, un Diego Ortiz, mayordomo que hera del Gran Capitán, fue a dicho molino que estava haziendo e dixo que aquello no se podía hazer, que avía mandamyento para que no se hiziese.”

El arrendamiento de los molinos que se hizo en el año 1524, en vida de la Duquesa, corrió a cargo de su mayordomo Juan Fernández, vecino de Íllora, y de Juan Franco, contador de la Duquesa, siendo el molinero Juan Serrano, que falleció al poco, continuando el arrendamiento Antón Rodríguez Pescador. Una sustitución urgente que dio lugar a varios ajustes de cuentas entre el nuevo molinero, su fiador, el contador de la Duquesa, y Mayor García, la viuda de Juan Serrano, molinero fallecido.
En el año 1527 se encontraba en dichos molinos, Francisco Lopes, molinero, con su mujer, Francisca Lopes.
Fallecida doña María Manrique, esposa del Gran Capitán, en el año 1527,  el arrendamiento de los molinos lo realiza en el año 1531, Antón Monte, en nombre del que probablemente fuera hermano de doña Maria, “don Yñigo Manrique, alcaide e capitán de Málaga”, como “tutor e curador de la persona e bienes del ylustre e muy magnyfico señor don Gonzalo Fernandes de Cordova, Duque de Sesa e Terranova, Conde de Cabra, señor de la casa de Vaena”, nieto del Gran Capitán y de doña María.
Por la documentación generada en el arrendamiento del año 1531 conocemos el mal estado de conservación en que se encontraban los edificios de los molinos. En dicho año requería el molinero Lázaro Lopes, al apoderado Antón Monte, “que adobe el molino Alto que se quiere caer e fundyr la casa; y quel Baxo le ponga unas puertas. Con protestaçión que sy se cayere e por esto no moliere el dicho molino, que protestava e protestó de cobrar dél e de sus bienes çient fanegas de trigo que se pueden ganar estando los molinos e casas dellos bien hechas e reparadas.”  
En el año 1524 los dos molinos del Duque reportaban de renta 163 fanegas de trigo cada año. Y en el año 1531 se arrendaron por 180 fanegas de trigo en cada año. Un nuevo arrendamiento se hizo en año 1541, por una renta de 141 fanegas de trigo.

Algún problema debió tener Pedro de Zamora, molinero que tuvo a renta los molinos, porque a primeros de noviembre de 1541, o sea, ya terminada la recolección del trigo y otros cereales, Pedro de Zamora estaba preso en la cárcel de Granada por una deuda de 30 fanegas de trigo que debía al señor Duque de Sessa. Pero lo más sorprendente es que 31 vecinos de Íllora se comprometieron ante escribano a pagar una fanega de trigo cada uno para que Pedro de Zamora “salga de las prisiones en que está... por le hacer buena obra e limosna.”
En la adopción de este gesto insólito por 31 vecinos, podría haber influido la relevancia social del Duque de Sessa y el deseo de complacerle; o bien la necesidad para los productores de la comarca de contar con la actividad de los molineros para que sus propios intereses no se vieran afectados. Pero también habría que considerar que los molineros, aunque su contratación era privada, estaban considerados oficios públicos, como se decía en el año 1611, cuando “la Justicia desta villa tiene mandado que todos los molyneros y los demás oficyos públicos desta villa, den fianças cada uno dellos...”  Entre los benefactores o concertados en favor de Pedro de Zamora encontramos al alcaide de Iznájar, al señor vicario de la Iglesia de Íllora, al hijo del morisco más relevante de la comarca, al alcalde de villa, y a otros hacendados locales.
Después de la propiedad de la tierra, los molinos fueron un signo de distinción y una fuente de beneficios complementaria para los terratenientes. Con ellos molían su propia cosecha evitando pagar a otras personas por la molienda, y además, percibían la cuota correspondiente por moler el grano de todos los labradores y pequeños propietarios.

Antonio Verdejo Martín